La mucosa presenta un epitelio con predominio de células caliciformes, con una relación 4:1 con respecto a los enterocitos, sin microvellosidades, y presenta abundantes criptas de Lieberkuhn similares a las de intestino delgado, pero estas carecen de células de Paneth. A nivel de la capa serosa, es común encontrar agrados lipídicos (Ross & Pawlina, 2015). En la región más distal del tubo la disposición de la capa muscular presenta tejido muscular estriado esquelético, correspondiendo al esfínter.